MassARRAY Well Optimizer · TAG Planner

ตรวจ m/z ชนกัน → รวม well ตามจำนวนที่ต้องการ → เติม/แก้ TAG (ตัวพิมพ์เล็ก) ให้ไม่ชนกัน → ตรวจซ้ำอิสระ → export ไฟล์ assay รูปแบบเดียวกับต้นฉบับ (ประมวลผลในเบราว์เซอร์เท่านั้น)

1ตั้งค่า

UEP และ EXT ทุกตัวของ SNP เดียวกันเป็นชุดเดียว ย้าย well และเลื่อนมวลไปด้วยกันเสมอ

ชนเมื่อ m/z ต่างกันน้อยกว่า (Da) จำนวน well ที่ต้องการ (ว่าง = คง well เดิม) Plex สูงสุดต่อ well (0 = ไม่จำกัด) m/z ต่ำสุด/สูงสุดหลังเติม TAG (0 = ไม่จำกัด)

Δ เท่ากับค่าที่ตั้งก็นับว่าชน (≤) เติม TAG ให้ SNP ที่ยังไม่มี TAG แก้ TAG เดิมได้ ถ่วงสมดุล: ส่วนต่างจำนวน SNP สูงสุดระหว่าง well (0 = ปิด) ยอมแก้ TAG เพิ่มได้อีกกี่ SNP เพื่อถ่วงสมดุล อนุญาตย้าย SNP ใน well ที่คงไว้ด้วย (ปกติย้ายเฉพาะ SNP จาก well ที่ถูกยุบ)

นับ adduct เป็นการชนด้วย ± DaNa⁺K⁺

มวลเบส TAG และคอลัมน์ไฟล์ (ค่าเริ่มต้นตรงกับ Book1)

มวลเบส acgt คอลัมน์ Wellชื่อ SNPm/z (UEP,EXT1..)คอลัมน์ไพร์เมอร์ PCR

ยังไม่ได้เลือกไฟล์

2Assay ที่ห้ามอยู่ well เดียวกัน

ข้อห้ามเชิงทฤษฎีการออกแบบ (บังคับเสมอ ไม่ว่า m/z จะชนหรือไม่) · ระบบตรวจให้อัตโนมัติเมื่อ SNP สองตัวใช้ไพร์เมอร์ PCR ตัวเดียวกัน (amplicon ซ้อนกัน)

SNP ASNP B

3Assay ที่ต้องอยู่ well เดียวกัน

กำหนดให้ SNP สองตัวอยู่ด้วยกันเสมอ (ย้ายไปไหนก็ไปพร้อมกัน ต่อเนื่องเป็นกลุ่มได้ เช่น A–B และ B–C = A,B,C อยู่ด้วยกัน)

SNP ASNP B

4m/z ที่ชนกันในไฟล์ต้นฉบับ

เปรียบเทียบเฉพาะ SNP คนละตัว

SNP A	Well	SNP B	Well	รายละเอียด	สถานะ

5แผนปรับแมสด้วย TAGเหลือง = TAG ที่เติม/แก้ · เทา = ลำดับเบสเดิม (ล็อก) · แถวส้ม = SNP ที่ย้าย well

Well ใหม่	SNP	Well เดิม	TAG เดิม → ใหม่	Δ m/z	UEP SEQ ใหม่	m/z เดิม → ใหม่

6ตรวจสอบซ้ำแบบอิสระ

อ่านค่าจากไฟล์ที่จะ export จริง แล้วคำนวณใหม่ทั้งหมดโดยไม่ใช้ผลของตัววางแผน

ไฟล์ assay: คอลัมน์เหมือนเดิมทุกอย่าง แถวเรียงตาม well (W1, W2, … เริ่มที่ W1 เสมอ) แก้เฉพาะ WELL, ช่อง m/z และ SEQ (TAG ตัวเล็ก) ของ SNP ที่เปลี่ยน