Black Hole Quencher™

🧬 Overview ⚙️ หลักการทำงาน 🧪 Mastermix 🎨 Dye & Quencher 📐 Design Tips 📋 Specs 📚 เอกสาร

🔬 LGC Biosearch Technologies www.biosearchtech.com

Black Hole Quencher™ (BHQ™) Probe

กรดนิวคลีอิคทั้งรูปแบบ DNA และ RNA ที่สกัดได้จากตัวอย่างการเกษตร มักจะมีความท้าทายในการทำ PCR และ qPCR อยู่เสมอ และ Black Hole Quencher™ (BHQ) มักถูกนำมาใช้เพื่อปรับปรุงประสิทธิผลของการทำ PCR และคุณภาพของกรดนิวคลีอิกที่ได้

BHQ™ Probe เป็น FRET Probe ที่ใช้กันอย่างแพร่หลาย ด้วยความที่มีความยาวประมาณ 20 - 30 เบส และสามารถเลือก Dye ได้หลายหลายสี ลักษณะจะประกอบด้วย Dye ที่มีคุณสมบัติฟลูออเรสเซนต์ที่ปลาย 5' และตัว Quencher ที่ปลาย 3'

จุดเด่นของผลิตภัณฑ์

สามารถเลือก Dye ได้หลายชนิด สามารถครอบคลุมช่วง Visible ได้ทั้งหมด
การออกแบบเรียบง่าย ไม่ซับซ้อนเนื่องจากเป็นลำดับเบสที่มีลักษณะเส้นตรง จึงสามารถทำการทดสอบซ้ำได้เป็นอย่างดี
คุณภาพและการสนับสนุนทางเทคนิคจากผู้พัฒนาตัวดับสัญญาณ BHQ ดั้งเดิม

🎨 สี Dye ให้เลือก

20–30

📏 ความยาวโพรบ (เบส)

🕶️ Quencher: BHQ-1, 2, 3

12 เดือน

📦 Shelf life

* ข้อมูลจาก LGC Biosearch Technologies

⚙️ หลักการทำงานของ BHQ™ Probe

BHQ™ Probe เป็นโพรบ FRET แบบเส้นตรงที่ติดสารเรืองแสงและ Quencher ที่ปลาย 5' และ 3' ตามลำดับ สัญญาณฟลูออเรสเซนซ์ถูกปล่อยออกมาด้วยกิจกรรม 5' exonuclease ของ Taq polymerase เหมาะสำหรับตรวจหาและวัดปริมาณลำดับเบสเป้าหมาย

🧬 Probe จับเป้าหมาย

Probe ที่มี Dye ปลาย 5' และ Quencher ปลาย 3' จับกับลำดับเบสที่เป็นคู่สมกัน

✂️ Taq ตัด Dye ออก

กิจกรรม 5' exonuclease ของ Taq polymerase ตัด Dye ออกจาก Probe

💡 ปล่อยสัญญาณ

Dye หลุดจาก Quencher จึงปล่อยสัญญาณฟลูออเรสเซนซ์ ใช้ตรวจและวัดปริมาณเป้าหมาย

🧪 BHQ™ Probe Mastermix

BHQ™ Probe Mastermix เป็นน้ำยาที่ประกอบด้วย Taq DNA Polymerase และออกแบบให้รองรับกับ BHQ-Labelled Hydrolysis Probe และ DNA templates จากตัวอย่าง สามารถทำได้ทั้ง Singleplex และ Multiplex

ชุดน้ำยา BHQ™ ของทางบริษัท LGC Biosearch นั้นได้ถูกพัฒนาให้มีความจำเพาะสูง สัญญาณรบกวนจึงต่ำมาก ส่งผลให้มีความถูกต้องสูง การแปลผล SNP ชัดเจน ตอบสนองต่องานทาง Genotyping ได้เป็นอย่างดี

🔗 BHQ Probes Master Mix (LGC)

🎯 BHQ Probe เหมาะสมกับการประยุกต์ใช้งานต่อไปนี้

🌾

MAS และ MAB SNP Genotyping

🧫

การทดสอบ Adventitious Presence (AP)

🧩

Copy Number variation (CNV)

🦠

การตรวจสอบโรคทางพยาธิในพืชและสัตว์

🎨 การจับคู่สี Dye กับ BHQ ที่ให้ประสิทธิภาพดีที่สุด

5' Fluorescent dye	Abs (nm)	Em (nm)	3' Quencher
FAM	495	520	BHQ-1
TET	521	536	BHQ-1
CAL Fluor Gold 540	522	544	BHQ-1
CIV-550	530	550	BHQ-1*, BHQ-2
JOE	529	555	BHQ-1
HEX	535	556	BHQ-1
CAL Fluor Orange 560	538	559	BHQ-1
Quasar 570	548	566	BHQ-2
Cy3	549	566	BHQ-2
TAMRA	557	583	BHQ-2
CAL Fluor Red 590	569	591	BHQ-2
ROX	586	610	BHQ-2
CAL Fluor Red 610	590	610	BHQ-2
CAL Fluor Red 635	618	637	BHQ-2
Cy5	646	669	BHQ-2
Quasar 670	647	670	BHQ-2*, BHQ-3
Quasar 705	690	705	BHQ-2*, BHQ-3

* Quencher ที่แนะนำ · ใช้ Spectral overlay tool เพื่อดู Dye ที่เข้ากันได้กับเครื่องของคุณ

📐 คำแนะนำในการออกแบบ BHQ Probe

ความยาวโพรบแนะนำ 20–30 เบส
หากลำดับเบสสั้นกว่า 17 เบส ให้พิจารณา BHQplus Probe
หากยาวกว่า 30 เบส การดับสัญญาณอาจไม่มีประสิทธิภาพ ให้พิจารณา BHQnova Probe
ค่า %GC ควรอยู่ระหว่าง 30–80%

หลีกเลี่ยงเบสชนิดเดียวกันซ้ำติดกันหลายตัว
ไม่ควรมี Guanosine (G) ที่ปลาย 5′ เพราะอยู่ติดกับ reporter dye จะทำให้สัญญาณเปลี่ยน และสำหรับโพรบ FAM ให้หลีกเลี่ยง G ในตำแหน่งที่ 2 จากปลาย 5′
หลีกเลี่ยง G ที่ปลาย 3′ (เช่น …GGG-3′ หรือ …GGAG-3′) และหลีกเลี่ยง G 4 ตัวติดกัน เพราะอาจเกิดโครงสร้างทุติยภูมิที่เสถียร
โพรบที่มี Internal quencher (มีเฉพาะ FAM) จะมีเบส T เพิ่มเข้ามา 1 ตัวในลำดับเบส

🛠️ PCR Forge Assay Design

📦 รูปแบบผลิตภัณฑ์

💰 ValuProbe (FAM / BHQ-1)

โพรบคุณภาพสูงราคาประหยัด ปริมาณ 10 nmol ติด FAM ที่ปลาย 5' และ BHQ-1 ที่ปลาย 3' ส่งมอบแบบแห้ง ผ่านการทำบริสุทธิ์ด้วย Reverse Phase HPLC และตรวจสอบด้วย mass spectrometry และ UHPLC

🧴 ValuMix Assay

BHQ Probe และไพร์เมอร์ 2 ตัว ผสมในหลอดเดียวตามสัดส่วนไพร์เมอร์ต่อโพรบที่กำหนด (1–4.5) ช่วยลดขั้นตอนและโอกาสเกิดความผิดพลาดจากการ pipette

โพรบทำบริสุทธิ์ด้วย RP HPLC, ไพร์เมอร์ salt-free
Dye: FAM, TET, CAL Fluor Gold 540, CIV-550, HEX, CAL Fluor Orange 560, CAL Fluor Red 610, Quasar 670
ปริมาณ 0.5 nmol (เฉพาะ FAM), 5 nmol หรือ 20 nmol

📋 Technical Specifications

Probe length	17–30 bases
Quenchers	BHQ-1, BHQ-2, BHQ-3, TAMRA
Yield	Dye dependent
Purification	Dual HPLC (ValuProbe: RP HPLC)
Delivery format	Dry or in solution
Quality control	MS and UHPLC
Quality standard	ISO 9001 or ISO 13485
Shelf life	12 months from date of manufacture