1SNPline™
SNPline™ Plate-based Genotyping
WorkFlow ของ SNPline ประกอบด้วยเครื่องมือ โปรแกรม และขั้นตอนการตรวจสอบ (validated procedures) ที่มีความยืดหยุ่นและรองรับสเกลขนาดใหญ่สำหรับ PCR-based Genotyping พัฒนาและปรับปรุงต่อเนื่องมาหลายปีในห้องปฏิบัติการให้บริการ genotyping ของ LGC ทั่วโลก ช่วยให้ทำ SNP assay ได้หลายสิบล้านรายการต่อปี และยังคงความยืดหยุ่นในการรันแต่ละครั้งโดยไม่ต้องใช้ Array Chip ที่มีราคาสูง
ด้วยดีไซน์แบบเปิด (open format) และโครงสร้างแบบโมดูล ผู้ใช้สามารถนำเครื่องมือที่มีอยู่เดิมมาเชื่อมต่อเข้ากับ workflow ได้ตามต้องการ และขยายระบบเมื่อโปรแกรมวิจัยเติบโตขึ้น นอกจาก KASP™ genotyping chemistry แล้ว ยังประยุกต์ใช้กับงาน PCR ปริมาณมากอื่นๆ เช่น วิธี genotyping แบบอื่นและ expression profiling ด้วย RT-PCR
⚙️ เครื่องมือใน SNPline Workflow
oKtopure™เครื่องสกัดกรดนิวคลีอิกอัตโนมัติ
Meridian™ดูดจ่ายของเหลวความเร็วสูงแบบไม่สัมผัส
Hydrocycler™2เครื่องเพิ่มสารพันธุกรรมแบบอ่างควบคุมอุณหภูมิ ขยายได้สูงสุดราว 145,000 ตัวอย่างต่อวัน
Fusion3™ และ Kube™เครื่องซีลเพลทแบบความร้อนและแบบเลเซอร์ รองรับสูงสุด 1,536 หลุม
Plate Readerอ่านค่าฟลูออเรสเซนต์ทั้งแบบ 384 และ 1,536 หลุม🔁 ขั้นตอนการทำงาน
Extraction
สกัดดีเอ็นเอจากตัวอย่าง โดยทั่วไปทำในรูปแบบเพลต
Plate Arraying
จัดเรียงตัวอย่างลงเพลต 96, 384 หรือ 1536 หลุม ตามขนาดโครงการ
Dispensing
ดูดจ่ายน้ำยา PCR ลงในเพลตดีเอ็นเอ
Sealing & Cycling
ซีลเพลตและเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรมในเครื่อง thermal cycler
Reading
อ่านเพลตเพื่อเก็บข้อมูลดิบ
Analysis & Report
วิเคราะห์ข้อมูลและรายงานผลผ่าน Kraken
📐 รูปแบบมาตรฐาน 2 แบบ
| SNPline Lite | SNPline XL | |
|---|---|---|
| เหมาะสำหรับ | งานที่มีปริมาณไม่มาก | งานปริมาณสูง |
| Throughput | สูงสุด 20,000 data points ต่อวัน | สูงสุด 200,000 data points ต่อวัน |
| ฟอร์แมตเพลต | 96 และ 384 หลุม | 96, 384 และ 1536 หลุม |
* สามารถปรับแต่งแต่ละรุ่นให้เหมาะกับห้องปฏิบัติการ และนำเครื่องมือที่มีอยู่เดิมมาร่วมใช้งานได้ · ทีมสนับสนุนของ LGC มีประสบการณ์ด้าน genotyping มากกว่า 10 ปี รวมถึงการออกแบบ assay สำหรับ SNP/InDel ที่ทำได้ยาก
2Nexar™
Nexar™ Inline Liquid Handling System
Nexar™ เป็นโมดูลแบบ inline สำหรับขั้นตอนการเตรียมดีเอ็นเอและสารละลายต่างๆ ตลอดจนถึงการทำ Assay เป็นระบบ Liquid Handling และ Assay Processing แบบโมดูลที่ขยายสเกลได้สูง รองรับห้องปฏิบัติการที่ต้องการ High-throughput สำหรับ PCR-based Genotyping
Nexar และเครื่องตรวจวัด Araya™ ประกอบด้วยโมดูลที่สลับเปลี่ยนได้แบบ plug and play ช่วยปกป้องการลงทุน เมื่อความต้องการของห้องปฏิบัติการเปลี่ยนไป
🔗 ระบบ Array Tape™ Genotyping
Array Tape™เพลตโพลีเมอร์ผืนยาว ที่ใช้ในเครื่อง Nexar
Soellex™เครื่องเพิ่มสารพันธุกรรมแบบอ่างควบคุมอุณหภูมิ
Araya™เครื่องตรวจวัดฟลูออเรสเซนต์| ขั้นตอน | รายละเอียด |
|---|---|
| Build Assay | Nexar ผสมตัวอย่าง 0.8 µL และสารละลาย 0.8 µL ลงในแผ่น Array Tape™ ผืนยาวต่อเนื่อง เทียบเท่าเพลต 384 หลุมจำนวน 277 แผ่น |
| Process | ซีล Array Tape™ ทั้งม้วนและโหลดเข้า Soellex™ (อ่างควบคุมอุณหภูมิ) เพื่อเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรม ใช้เวลาประมาณ 90–120 นาที |
| Dry | ทำให้ม้วน Array Tape™ แห้ง (เลือกใช้เครื่องหมุนเหวี่ยงแบบกำหนดเองได้) |
| Detection | Araya™ สแกนทั้งม้วน ใช้เวลาเฉลี่ย 28 วินาทีต่อ Array Tape™ 384 หลุม |
| Plates / day | 400 ผืนต่อเนื่อง (Array Tape™ 384 หลุม) |
| Datapoints / day | 384 × 400 = 153,600 ข้อมูลต่อวัน |
| Processing time | 8 ชั่วโมงต่อวัน |
* ข้อมูลจาก LGC, Biosearch Technologies
💧 หัวดูดจ่ายสาร (Fluid Handling)
| หัวดูดจ่าย | รูปแบบ | จำนวนช่อง | ช่วงปริมาตร (validated บน Nexar) | CV |
|---|---|---|---|---|
| CyBio | Parallel channel | 96 / 384 | 600–800 nL | ตามชนิดปลายปิเปต |
| Dispense Jet | Independent, multi-channel | 4 | 750–1,250 nL | < 7% |
| FlexJet™ | Independent, multi-channel | 4 / 8 | 250–2,500 nL | < 7% |
Pipette Wash : ล้างปลายปิเปตอัตโนมัติตามโปรโตคอลของเครื่อง ลดการปนเปื้อนข้ามตัวอย่างและลดขยะพลาสติก
Sonic Wash : ล้างปลายปิเปตด้วยคลื่นอัลตราโซนิก กำจัดตัวอย่างที่ตกค้างในหัวฉีดและปลายปิเปต
3IntelliQube®
IntelliQube® Automated PCR Instrument
IntelliQube® เป็นเครื่องที่รวมเทคนิค endpoint-PCR และ qPCR ตั้งแต่การจัดการสารละลาย การปิดผนึก การเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรม ไปจนถึงการตรวจวัดและวิเคราะห์ผล ด้วยระบบ Array Tape™ 384 หรือ 768 หลุม เป็นระบบ multiplexing qPCR อัตโนมัติที่ยืดหยุ่นสำหรับตัวอย่างจำนวนมาก เปลี่ยน genetic marker เป้าหมายได้ทันที
หัวปิเปต CyBio® FeLiX แบบ 96 หรือ 384 ช่องที่ถอดเปลี่ยนได้ จัดการปริมาตรสารละลายอย่างแม่นยำลงบน Array Tape™ และมีระบบล้างทิปในตัว ทำให้นำกลับมาใช้ใหม่ ช่วยลดต้นทุนการวิเคราะห์
💧 ระบบดูดจ่ายสาร (Liquid Handling)
| ประสิทธิภาพ | ดูดจ่ายตัวอย่าง CyBio® FeLiX pipette head | ดูดจ่าย Assay Dispense Jet |
|---|---|---|
| กลไกการทำงาน | ใช้อากาศในการแทนที่ (air displacement) | Single jet solenoid valve (ไม่สัมผัส) |
| จำนวนช่อง | 96 หรือ 384 ช่อง | 4 ช่อง |
| ปริมาตร / ความแม่นยำ | 0.8 µL · CV ≤ 5% | สำหรับ 2X Primer + Probe + Master mix |
| เพลตตั้งต้น | ANSI/SBS 96/384 หลุม สูง ≤ 15 มม. (10 ตำแหน่ง) | ANSI/SBS 96 หลุม สูง ≤ 30 มม. (3 ตำแหน่ง ควบคุมอุณหภูมิ) |
| เวลาดูดจ่าย | ประมาณ 5–6 นาทีต่อ array | |
* Pipette Wash ของ IntelliQube ใช้การปั่นป่วนของของเหลวรอบปลายปิเปตล้างทั้งภายในและภายนอก พร้อมระบบ touch-off และเติมสารเสริมการล้าง เช่น สารฟอกขาว เพื่อลดความเสี่ยงการปนเปื้อน
Amplification : Peltier block 20–100°C ความแม่นยำ ±0.25°C ramp 3.0°C/s ออกแบบเฉพาะสำหรับ Array Tape™ 384/768 หลุม ไม่ต้องเปลี่ยนบล็อก
Detection : LED กรองแสง 480–620 nm และกล้อง CCD ความละเอียดสูง 5 ช่องสัญญาณ (510–705 nm) เก็บข้อมูลครบทุกช่องได้เร็วสุดเพียง 10 วินาที
Intellics® Software : Array Builder™ สร้างโปรโตคอล และ IntelliScore® วิเคราะห์ผล (absolute/relative quantification, genotyping, presence/absence) ส่งออก CSV เข้า LIMS ได้
🎨 ช่องสัญญาณและสีย้อมที่รองรับ
| Channel | Excitation / Emission (nm) | สีย้อมที่คาดว่ารองรับ |
|---|---|---|
| 1 | 480 / 510 | FAM™ |
| 2 | 530 / 565 | JOE™, VIC®/HEX™, CAL Fluor® Orange 560 |
| 3 | 548 / 580 | NED™, TAMRA™, CAL Fluor® Red 590 |
| 4 | 580 / 625 | ROX™, CAL Fluor® Red 610, Texas Red® |
| 5 | 620 / 705 | Cy5®, Quasar® 670 |
📋 Performance Specifications
| รายการ | รายละเอียด |
|---|---|
| Dimensions (W × D × H) | 49" × 34" × 75" (พร้อมรถเข็น) |
| Weight | 855 pounds |
| Power | 120/240 VAC, 15/7.5 A · 50–60 Hz |
| Operating Environment | 15–30°C · ความชื้น 20–80% (non-condensing) |
| Air / Water Input | อากาศ 80–100 psi (สูงสุด 15 SCFM) · น้ำ RO หรือ DI |
| Temperature Uniformity | ±0.5°C ที่ 60°C |
| End-point PCR Throughput / 8 hr | Array 384 หลุม 65 แผ่น (24,960 data points) เมื่อใช้ร่วมกับ Hydrocycler² |
| Certifications | Machinery Directive (2006/42/EC) และ EMC Directive (2004/108/EC) · Research Use Only |
* ข้อมูลจาก LGC, Biosearch Technologies